ヘテロ接合体のPCR産物

長さの異なる2種類のPCR産物を混合して変性・再会合させると、ヘテロ二本鎖ができ、ホモ二本鎖と泳動度が異なるため追加のバンドが生じ得る；バンドの分離本数は泳動条件にも依存する。

ミスマッチを含むヘテロ二本鎖は、ホモ二本鎖より遅く泳動する。泳動時間によっては、ホモ二本鎖同士も分離する。